รอยพระพุทธบาทดอยไซ ประดิษฐานภายใน มณฑปครอบรอยพระพุทธบาท วัดพระพุทธบาทดอยไซ 
รอยพระพุทธบาทดอยไซ วัดพระพุทธบาทดอยไซ เป็นรอยพระพุทธบาทเบื้องซ้าย กว้าง ๘๗ เซนติเมตร ยาว ๒๓๗ เซนติเมตร หันส้นพระบาทไปทางทิศตะวันออก เป็นรอยจำลองที่สร้างทับรอยพระพุทธบาทจริง
คำนมัสการพระพุทธบาท
(กล่าวนะโม ๓ จบ) ยัง ตัตถะ โยนะกะปุเร มุนิโน จะปาทัง ตัง ปาทะ วะลัญชะนะ มะหัง สิระสา นะมามิฯ
ตำนานพระพุทธบาทดอยไซ
เมื่อครั้งพุทธกาล มียักษ์ตนหนึ่งอาศัยอยู่ในถ้ำดอยไซ คอยจับคนและสัตว์เป็นอาหาร โดยใช้ไซขนาดใหญ่ สร้างความเดือดร้อนเป็นอย่างมาก พระพุทธเจ้าเห็น จึงใช้พระบาทย่ำบนดอยไซ และใช้พระบาทข้างซ้ายถีบไซไปตกบริเวณทุ่งกว้าง กลายเป็นหนองไซจนถึงปัจจุบัน
ส้นพระพุทธบาท วัดพระพุทธบาทดอยไซ จะมีลักษณะคล้ายรูไม้เท้า ตามตำนานกล่าวว่า รูลึกนี้จะทะลุออกตรงกลางหนองน้ำ "หนองไซ" ซึ่งห่างออกไปประมาณ ๙๐๐ เมตร เคยมีคนทดลองเอาลูกมะนาวใส่ลงในรู แล้วไปโผล่ออกตรงกลาง "หนองน้ำหนองไซ"
